O actual projecto de recuperação e valorização do Teatro romano foi apresentado em 1998, constituindo esse momento um marco decisivo para o monumento. O Programa enunciou um conjunto de acções a desenvolver, entre as quais cabe sublinhar: a investigação histórica e respectiva divulgação científica; a concretização de acções de conservação e restauro das ruínas já colocadas a descoberto; a implementação de novas intervenções arqueológicas, sobretudo aquelas a realizar nos locais abrangidos pelas obras decorrentes da instalação do futuro museu; a criação de um projecto de musealização das ruínas; a integração urbana e a reabilitação da área envolvente e, por fim, um dos aspectos mais importantes como acção aglutinadora de todo este processo, a criação do Museu do Teatro Romano.

No âmbito deste Programa deu-se início, em 2001, à concretização do projecto de intervenção arqueológica, marcando mais um passo decisivo na história do monumento e na tentativa de o restituir à cidade. Essas primeiras intervenções foram realizadas em vários locais, próximos entre si, aproveitando áreas onde era possível implementar metodologias de pesquisa, depois englobadas no próprio Museu. Sem que possa ser considerado um espaço convencional, o Museu do Teatro Romano constitui-se como uma descoberta progressiva do passado, onde a informação é dada à medida que o visitante encontra novos elementos e os visualiza in situ.

O Museu do Teatro Romano, inaugurado em 2001 constitui um Projecto Museológico da autoria de Ana Cristina Leite (Divisão de Museus e Palácios da Câmara Municipal de Lisboa). O projecto de arquitectura, da autoria de Daniella Ermano, integrou no percurso do Museu as novas estruturas arqueológicas que, no decurso do programa de investigação e reabilitação, foram sendo reveladas.

O Museu engloba, deste modo, múltiplas áreas expositivas onde podem ser observados testemunhos arqueológicos do Teatro Romano, bem como de outros vestígios de edificações que aí se foram erigindo ao longo dos séculos.

Perspectiva geral das estruturas arqueológicas do Teatro Romano (de Este para Oeste) colocadas a descoberto na década de 1960, assim como nas campanhas de 1989/1992. Esta área constitui o núcleo mais importante das ruínas arqueológicas exposto.	Um dos núcleos intervencionados arqueologicamente e integrado no percurso museológico do Museu do Teatro Romano. Estas novas campanhas de escavação permitiram a descoberta do postcaenium (estrutura que suportava a frente cénica e que, simultaneamente, funcionava como suporte e consolidação da colina onde o teatro foi construído).