O percurso museológico do Museu da Cidade define-se pela articulação entre o espaço destinado à exposição permanente, instalada no edifício principal, e os espaços destinados a mostras temporárias, situados nos jardins do Museu.

O programa da exposição permanente, cuja montagem remonta aos anos 70, foi concebido numa lógica cronológica, traçando o percurso evolutivo da cidade, desde a pré-história até à primeira década do séc. XX, tendo por base as diversas colecções artísticas que documentam a Cidade de Lisboa nas suas vertentes urbanística, politica, social e cultural.

Inserido no circuito, o Ensemble d`Époque, cuja cuidadosa reconstituição transporta o visitante aos ambientes do quotidiano nobre setecentista, configura-se como um espaço de transição com as salas da exposição permanente, abrindo-se à envolvente exterior através do Jardim de Cerimónia.

Complementando o circuito da exposição permanente, os pavilhões de exposições temporárias, construídos já nos finais do séc. XX, constituem-se como o elo fundamental de ligação com a cidade contemporânea, através das novas abordagens estéticas de diversos artistas.