Durante o período filipino (1580 – 1640), em que Portugal esteve sob o domínio espanhol, o desenvolvimento urbano foi pouco significativo. Contudo, alguns acontecimentos reforçaram a imagem de certos espaços públicos. A reformulação do Paço da Ribeira foi uma das primeiras preocupações do novo monarca Filipe I (1521-1598).
O novo projecto, envolvia a regularização da fachada voltada à praça, remodelações na capela real e nos aposentos do Rei. Desta obra destaca-se, pelas dimensões e volumetria, o Torreão Filipino, com quatro pisos em pedra de lioz, encimada por uma grande cúpula em chumbo de secção quadrangular, rematando a fachada voltada ao rio. Este torreão, projecto da autoria de Felipe Terzi, corrigido e modificado pelo arquitecto real Juan de Herrera e aprovado pelo monarca logo em 1581, dá ao palácio, ao Terreiro do Paço e à cidade uma nova dignidade.
Nesta praça encontravam-se estabelecidos, a par do palácio do rei, repartições aduaneiras como a Alfândega e a Casa dos Contos, o que lhe conferia o estatuto de centro económico e administrativo da capital. Palco de intensa movimentação, decorriam também neste espaço touradas, autos de fé e importantes cerimónias civis e religiosas.
Com a recuperação da independência nacional, em 1640, o país atravessa uma fase de grande austeridade imposta por diversos condicionalismos políticos e económicos. Esta conjuntura teve fortes reflexos na arquitectura, onde as linhas severas e sóbrias se tornam dominantes. No que respeita à decoração de interiores, o séc. XVII caracteriza-se pelo domínio da talha dourada e do azulejo policromo.
Em ocasiões festivas e solenes, as principais praças e ruas da cidade eram engalanadas com um conjunto de arquitecturas efémeras, marcadamente barrocas. Com o aproximar do final de seiscentos, as grandes festas da corte e os enlaces matrimoniais introduziram novos hábitos e equipamentos que vão, cada vez mais, reaproximar Lisboa da Europa.
A exposição do Museu da Cidade apresenta um importante conjunto iconográfico de representações da cidade e de acontecimentos marcantes para a época, com especial destaque para o núcleo que documenta o casamento da infanta D. Catarina de Bragança com Carlos II de Inglaterra e do qual faz parte a importante pintura Terreiro do Paço no século XVII, executada em Londres por Dirk Stoop, em 1662.
De salientar, igualmente, a primeira planta da cidade, executada em 1650 por João Nunes Tinoco, e os diversos registos iconográficos de grandes acontecimentos, como as touradas e os Autos de Fé.