O Pavilhão Branco, construído em 1994 e inaugurado em 1995 com a exposição Azulejo Gráfico, é desde 1997 um espaço dedicado à arte contemporânea. Foi pensado como um espaço para exposições temporárias que prolongasse/articulasse a exposição permanente do Museu da Cidade com a cidade de Lisboa e de uma forma dinâmica apresentasse propostas artísticas, maioritariamente site-specific, e sempre com um carácter desafiante para o espectador.

O Pavilhão Preto, inaugurado em 1994, é um espaço multiusos, onde se têm realizado exposições várias que têm abarcado áreas tão diversas como arte, arquitectura, história e arqueologia.

A utilização de uma sala no percurso da Exposição permanente, Sala do Destaque, para realizar pequenas mostras que destacam peças da colecção, doações e efemérides, tem sido uma actividade que permite dinamizar o próprio percurso expositivo. Também outras salas do Museu são pontualmente “invadidas” por exposições que criam diálogos com o espólio exposto e com as salas do Palácio.