A ideia de criar um museu municipal que documentasse a história de Lisboa remonta a 1909 (vereação de Anselmo Braancamp Freire, 1908 – 1912). No entanto, circunstâncias diversas foram adiando o projecto até 1935, data em que, por sugestão do vereador Pereira Coelho, se voltou a pensar neste projecto, sugerindo-se a sua instalação no então recém-adquirido Palácio da Mitra.

A ideia foi desde logo amplamente aplaudida pelos responsáveis dos Serviços Culturais da Câmara Municipal, tendo sido nomeado Conservador dos Museus Municipais Mário Tavares Chicó, com a responsabilidade de organizar, planear e montar o Museu da Cidade no Palácio da Mitra. Em 1942 foi este inaugurado, mas, dada a exiguidade do espaço e a má compartimentação do edifício, desde logo se consciencializou tratar-se de uma solução provisória.

Com a aquisição do Palácio Pimenta, em 1962, surgiram novas perspectivas para o Museu da Cidade uma vez que este edifício apresentava grandes vantagens para que a transferência fosse considerada. Por razões diversas, tal só se veio a concretizar em 1972, altura em que se iniciaram as obras de beneficiação e adaptação do edifício, realizadas em várias etapas.

Em 1979, com a conclusão das obras no andar nobre, o Museu abre ao público, com uma exposição que contemplava apenas o período da história de Lisboa entre o séc. XVII e a Implantação da República. Em 1984 foi possível abrir ao público os restantes sectores do Museu, com um programa pensado para o edifício e que traça um percurso cronológico da cidade entre a pré-história e a implantação da República, ainda hoje em vigor.

A ampliação do Museu e a reestruturação do seu discurso museológico, visando acompanhar a cidade na sua contemporaneidade, é o objectivo principal a concretizar brevemente.