O Museu da Cidade desenvolve uma actividade arqueológica intensa desde as suas origens, reunindo um acervo valioso da história de Lisboa. Na década de ´60 do século XX, pela mão da antiga conservadora Irisalva Moita, coube-lhe a responsabilidade por intervenções pioneiras como as do Rossio, Praça da Figueira e Teatro Romano.

Aproveitando a experiência acumulada pela instituição, em 1996 foi formado o Serviço de Arqueologia do Museu da Cidade (S.A.M.C.), com o objectivo de promover a salvaguarda, protecção, valorização, divulgação e estudo do património arqueológico da cidade e do território do município.

A actividade do S.A.M.C. acompanhou os últimos desenvolvimentos da prática arqueológica em Lisboa, onde assume um papel preponderante. Para além das cerca de 150 campanhas desenvolvidas em articulação com outras acções urbanas de iniciativa camarária, o S.A.M.C. desenvolveu projectos próprios, orientados para matérias patrimoniais e científicas lisboetas, de que se destacam o «Projecto Integrado de Estudo e Valorização da Cerca Velha de Lisboa», o «Projecto do Teatro Romano de Lisboa» e a «Carta Arqueológica de Lisboa».

O serviço conta, na actualidade, com nove arqueólogos, um geólogo e um epigrafista, reunindo especialistas de todas as áreas cronológico-culturais, desde a Pré-História à Arqueologia Industrial.