É do âmbito das competências deste museu assegurar a conservação e beneficiação das espécies museológicas, através do seu estudo e da sua preservação, assim como a divulgação do património cultural e de todos os bens que manifestam interesse cultural relevante, nomeadamente interesse histórico, arqueológico, arquitectónico, documental, artístico, etnográfico ou industrial, devendo reflectir valores de memória, antiguidade, autenticidade e originalidade.
Enquanto elemento de identidade e de memória colectiva, o património cultural pode ter um importante papel no desenvolvimento da comunidade local onde se insere, devendo, por este motivo, ser objecto de valorização, nomeadamente através de acções desenvolvidas no âmbito da pesquisa e da investigação, da conservação preventiva, da formação e da divulgação.
Visando documentar e dar a conhecer a evolução da cidade nas suas vertentes humana, urbanística, social, simbólica e económica, têm sido desenvolvidos pelo Museu da Cidade projectos de investigação que têm por base, para além do estudo do espólio museológico, diferentes temáticas e vestígios reveladores da história de Lisboa.